Świetna forma z piątku zaowocowała doskonałą postawą podczas sobotniej, decydującej sesji kwalifikacyjnej przed Grand Prix Czech na torze w Brnie. Hiszpan ze stajni Repsol Honda wykręcił na przedostatnim okrążeniu świetny czas, który ostatecznie wyśrubował na kolejnym i tym samym ruszy do niedzielnych zawodów z pola numer jeden.
8' – Najlepszym czasem dysponował Jorge Lorenzo. Niewiele gorzej od niego zespołowy kolega, Ben Spies. Miedzy zawdnikami Yamahy na drugiej pozycji znajdował się Marco Simoncelli. Obiecujący początek sesji kwalifikacyjnej zanotował Alvaro Bautista notując po dziesięciu pierwszych minutach czwarty wynik.
10' – Dwa szybkie kółka z rzędu wykręcił Cal Crutchlow, który pomimo debiutanckiego sezonu w Motogp, tor w Brnie zna z czasów rywalizacji zarówno w klasie World Superbike jak i World Supersport.
12'- Niemrawo sesję kwalifikacyjną rozpoczął Casey Stoner, który po krótkim wyjeździe w pierwszych minutach sesji odnotował przeciętny rezultat i z trzynastym czasem spędził w boxach dłuższą chwilę intensywnie tłumacząc swoim mechanikom nad jakim obszarem motocykla należałoby popracować. W międzyczasie najlepszy rezultat wykręcił Dani Pedrosa, który od tego momentu systematycznie podkręcał tempo rywalizacji na torze.
20' – Długi wyjazd i kilka szybkich z rzędu kółek zanotował Ben Spies, jednak w samej czołówce się nie zadomowił. Amerykanin najwidoczniej jeszcze podczas sesji kwalfikacyjnej sprawdzał jak czuje i sprawuje się jego ramię i okolice szyi, na ból ktorych ostatnio narzekał. Tymczasem na torze zameldował się Casey Stoner i już w pierwszym mierzonym kółku notuje najszybszy w owym momencie rezultat.
27' – Ostatnie pozycje zajmowali w tym momencie sesji sami zawodnicy dosiadający maszyn Ducati. W międzyczasie Stoner uruwa kilka dziesiątych sekundy ze swojego najlepszego rezultatu. Toni Elias na wyjątkowo dobrej dla niego pozycji numer dwanaście. Jak się ostatecznie okazało na niej właśnie zakończył zmagania aktualny mistrz świata kategorii Moto2.
39' – Colin Edwards wykręca bardzo dobry, jak na kierowcę stalickiego zespołu, czas. Amerykanin jest gorszy jedynie od zawwdników na fabrycznych Hondach i Yamahach. Niespełna dwie minuty poźniej Teksańczyk jeszcze bardziej podkręcił tempo i z czasem niespełna pół sekundy gorszym od będącego w owym momencie na czele Stonera okupował siódmą pozycję.
44' – Do cięzkiej pracy zabrał się Ben Spies, który zapalił nawet trzeci sektor na czerwono, jednak ostatecznie na mecie umieścił swój rezultat na trzeciej pozycji.
45' – Dani Pedrosa odzyskuje pozycję lidera. Jego czas w tym momencie wynosił 1'56.560.
54' – Ostatni wyjazd z boxu zaliczyli Valentino Rossi oraz Marco Simoncelli. Za nimi chwilę później z boxu wyjechał Casey Stoner, który przebywał w nim dosłownie kilka chwil. Modyfikacje podczas tego 'garażowania' na niewiele się zdały, gdyż Australijczyk nie zdołał przedostać się z pozycji numer trzy ani o jedno oczko wyżej.
58' – Najszybszy po trzecim sektorze na swoim ostatnim liczonym okrążeniu był Jorge Lorenzo, jednak ostatnia część toru w Brnie nie jest domeną motocykla M1 ze stajni Yamahy, czego efektem była niewielka strata do prowadzącego Daniego Pedrosy. Mistrz Świata ruszy tym samym z drugiego miejsca do niedzielnego wyścigu. Wywrotkę na samym końcu sesji zaliczył Randy de Puniet.
60' – Rzutem na taśmę swoją pozycję poprawił Valentino Rossi. Włoch mocno walczył ze swoim Ducati, jednak starania Włocha przyniosły wymierne skutki. Szósta pozycja i start z drugiego rzędu to dokładnie taki cel jaki sobie przed sesją kwalifikacyjną założył dziewięciokrotny mistrz świata. Podczas swojego ostatniego mierzonego okrążenie czasy we wszystkich trzech sektorach poprawia jeszcze Dani Pedrosa i tym samym zgarnia swoje pierwsze w tym sezonie pole position. Pierwszy rząd uzupełnił Casey Stoner, natomiast poza Rossim z drugiego rzędu ruszą w niedziele jeszcze Ben Spies(#4) oraz Marco Simoncelli(#5).
John Hopkins startujący z dziką kartą podczas rundy w Brnie w zespole Rizla Suzuki nie brał udziału w sesji kwalifikacyjnej z powodu złamania palca prawej ręki. Kontuzji Amerykanin nabawił się podczas deszczowej sesji treningowej numer trzy. Uraz jest na tyle poważny, że uniemożliwi mu start w niedzielnym wyścigu.
Wyniki sesji kwalifikacyjnej:
1. Dani Pedrosa – ESP – Repsol Honda 1'56.591s
2. Jorge Lorenzo – ESP – Yamaha Factory Racing 1'56.704s
3. Casey Stoner – AUS – Repsol Honda 1'56.860s
4. Ben Spies – USA – Yamaha Factory Racing 1'57.178s
5. Marco Simoncelli – ITA – San Carlo Honda Gresini 1'57.351s
6. Valentino Rossi – ITA – Ducati Marlboro 1'57.367s
7. Andrea Dovizioso – ITA – Repsol Honda 1'57.442s
8. Colin Edwards – USA – Monster Yamaha Tech 3 1'57.676s
9. Nicky Hayden – USA – Ducati Marlboro 1'57.721s
10. Hiroshi Aoyama – JPN – San Carlo Honda Gresini 1'57.784s
11. Cal Crutchlow – GBR – Monster Yamaha Tech 3 1'57.797s
12. Toni Elias ESP – LCR – Honda 1'58.245s
13. Hector Barbera – ESP – Mapfre Aspar 1'58.273s
14. Alvaro Bautista – ESP – Rizla Suzuki 1'58.274s
15. Randy de Puniet – FRA – Pramac Racing 1'58.889s
16. Loris Capirossi – ITA – Pramac Racing 1'58.938s
17. Karel Abraham – CZE – Cardion AB Motoracing 1'58.946s